目前的水環境質量監測采用的是人工采樣、實驗室分析的監測技術路線，評價水環境質量的優劣需要根據《地表水環境質量標準》(GB3838-2002)，測定水中的23個項目。我國的水環境質量監測已經開展了近40年。

水質自動監測是在手工監測的基礎上依托實驗室分析方法發展起來的。上世紀八十現代流動注射技術的應用將繁瑣的實驗步驟自動化，實現了對樣品的自動連續分析，使實驗室分析的精密度和分析效率大大提高。水質自動監測則是在此基礎上通過進一步實現采樣制樣步驟的自動化達到對水質連續監測的目的。

與手工監測技術相比較，它們在以下幾個方面還存在一定的差異性。

一.測定原理

為了達到與人工監測結果的一致性，自動監測儀器的測定原理會盡可能與實驗室分析方法保持一致。如五參數(水溫、pH值、溶解氧、電導率和濁度)、氨氮和高錳酸鹽指數、化學需氧量等多數常規監測項目的儀器測定原理與手工監測是一致的。為了便于實現分析測試的自動化和減少試劑的種類與用量，有些監測項目自動監測與手工分析的測定原理差異較大。例如：重金屬的測定采用了電化學的方法，石油類采用了紫外熒光法，氨氮則增加了氣敏電極法。

測定方法原理的不同必將帶來自動與手工監測數據間的差異。

二.監測指標

目前水質自動監測儀器設備的種類很多，就地表水常規監測的20多項指標而言，還有五日生化需氧量、石油類、陰離子洗滌劑、硫化物、揮發酚、氰化物的測定沒有相應的自動監測分析儀器。無法開展自動監測。由于自動分析儀器種類尚不能覆蓋所有水質評價項目，僅采用自動監測的數據評價水環境質量存在一定的缺陷和風險。

因此從監測指標方面，自動監測指標與手工監測指標存在著一定的差異性。

三.靈敏度

在手工監測中，可以根據待測物的濃度采取稀釋、萃取等技術措施將待測物的濃度調整到最佳測定區域，保證能夠準確定量的測試。但是自動分析由于前處理方式簡單無法自動消除共存物質的干擾，進樣量小樣品代表性差，導致部分項目的測定靈敏度不能夠滿足優質水體(Ⅰ、Ⅱ類)準確測定的要求。

根據自動監測與手工監測的比對試驗，測定數據可比且儀器性能穩定的自動分析儀器并不多。綜合在用的不同品牌的儀器設備，水溫、pH值、溶解氧、高錳酸鹽指數和氨氮等幾個項目的自動分析數據與手工測定結果的可比性比較好。總磷和總氮受水質變化的影響較大。重金屬自動分析儀器由于無法消除共存離子的干擾，經常會出現誤報錯報的現象。

四.采樣方式

根據《地表水和污水監測技術規范》(HJ/T 91-2002)，評價水環境質量的監測需要根據河寬和水深按照左中右、上中下確定采樣垂線的數量和垂線上采樣點的數量。少則一個采樣點，多則9個采樣點。為了便于維護和不妨礙通航，自動監測的采樣頭雖然最大限度地伸向河中央，但只有一個采樣點。采樣方式的不同影響了采樣的代表性。在一些流量不大的水體上采樣結果差異不大，而在大江大河上與手工監測相比可能會存在差異。

因此從技術層面分析，由于自動監測儀器覆蓋的監測指標有限，采樣方式與監測技術規范要求有差異，自動分析儀器測定靈敏度偏低等問題，在現階段尚不能使用自動監測完全替代手工監測。